中国农业科学院研究生院成立于1979年，1981年经国务院批准，成为我国首批博士学位与硕士学位授予单位之一。
中国农业科学院研究生教育以其分布在全国17个省（市、自治区）的39个研究所为依托，坚持“立足科研，质量为本，科教兴农”的办学理念，以“院所结合，两段式培养”为特色，即研究生院统一组织招生、授课和学位授予，课程学习期间由研究生院实行全方位管理；课程结束后跟随导师进入研究所开展课题研究，直到完成毕业论文，在所期间，研究生主要由各专业研究所负责管理，研究生院进行辅助管理。经过30年的探索和发展，现已形成包括硕士、博士、博士后、留学生和专业学位教育在内的多层次多类型的人才培养体系。目前，在读研究生总数3600余人，其中，普通全日制在读研究生2200余人。已毕业研究生3700余人，他们为我国农业和经济建设做出了重要贡献。
中国农业科学院拥有优良的科研设施设备、大量的前沿课题项目、充足的科研经费、丰富的图书文献资源，一流的导师队伍及广泛的国际合作交流等，为研究生开展学术研究、参与课题实践、锻炼创新能力提供了强大的科研支撑。目前，全院建有农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程，5个国家重点实验室，14个农作物改良中心，5个国家重点野外科学观测试验站，3个国家工程技术研究中心，3个国家质检中心，1座国家农作物种质资源长期库，1座国家农业微生物菌种资源库，1座馆藏文献210万余册，33万余种的国家农业图书馆，建有数据量80G以上的大型农业科学数据库。农科院建院五十年来获奖成果2495项，其中国家级成果奖273项；“十五”和“十一五”科研经费总计43.4亿元。
中国农业科学院研究生院现有两院院士11人，博士生导师450余人，硕士生导师1000余人，任课教师350余人，其中近70%教师为我院科研骨干直接参与研究生的课程教学。学科专业涉及农学、理学、工学、管理学4大门类，涵盖了15个一级学科，其中有作物学、园艺学、农业资源利用、植物保护、畜牧学、兽医学和农林经济管理7个博士学位一级学科学位授权点、44个二级学科博士学位授权点；8个硕士学位一级学科学位授权点，58个（含2个专业学位授权资格）二级学科硕士学位授权点；8个博士后流动站。
中国农业科学院研究生教育密切关注国际教育发展及科技前沿，积极开展国际合作，已与世界上60多个国家或地区的农业科研机构、大专院校建立了多种形式的双边交流与合作关系，与意大利、加拿大、荷兰等国家有关大学开展了合作培养博士研究生项目。
中国农业科学院研究生院1999年被教育部和国务院学位委员会授予“全国学位与研究生教育管理先进集体”称号，2008年获“北京市学位与研究生教育管理先进集体”。有3篇全国百篇优秀博士学位论文，1篇北京市优秀博士学位论文。2002年以来，研究生院以农学门类第一名连续七年荣列 “中国一流研究生院”。
2009年，中国农业科学院研究生院将迎来30周年，作为中国农业科学院长远发展战略“高层次人才培养基地”的主力军，研究生院将乘承“明德格物，博学笃行”院训，追求 “高层次、研究型、国际化、有特色”的办学模式，努力把研究生院建设成为国内一流、国际知名的培养和造就高层次农业科技人才的重要基地。